Чемпион Эстонии 2015 года в первом раунде квалификации Лиги Чемпионов сезона 2016/17 годов стартовал с домашней победы на лучшей командой Гибралтара "Линкольном" со счётом 2:1.
Первый гол в матче, который проходил 28 июня на главном футбольном стадионе Эстонии "А Ле Кок Арене", на 45-й минуте забил Рауно Аллику, который вывел таллинский клуб вперёд, через четыре минуты после перерыва Рауно Саппинен увеличил преимущество "Флоры", а на 57-й минуте гибралтарец Джозеф Луиз Чиполина отыграл один гол, установив итоговый счёт матча.
Минимальная победа "Флоры" порадовала эстонских болельщиков, но судьба двухматчевого противостояния решится 6 июля, когда в Гибралтаре пройдёт вторая встреча этих команд. Победитель этой пары во втором раунде получит в соперники чемпиона Шотландии - "Селтик" из Глазго.
В четверг, 30 июня, выступление в Лиге Европы начнут ещё три эстонских клуба. "Левадия" принимает фарерский "Торсхавн", "Нымме-Калью" сыграет в гостях с литовским "Тракаем", а дебютант еврокубков таллинский "Инфонет" в Эдинбурге встретится с бронзовым призёром чемпионата Шотландии "Хартсом".
Лига Чемпионов 2016/17.
28 июня. Первый квалификационный раунд.
Валетта (Мальта) - Б-36 (Фарерские острова) - 1:0
ТНС (Уэльс) - Тре Пенне (Сан-Марино) - 2:1
ФК Санта-Колома (Андорра) - Алашкерт (Армения) - 0:0
Флора (Эстония) - Линкольн (Гибралтар) - 2:1